应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 关智一 藤本千秋 三石琴乃 松本保典 高木涉 荻野志保子 松本幸 银河万丈 宇垣秀成 山崎雅美 高户靖广 后藤史彦 幸田昌明 植仓大 东明弘 深津智义 津崎史郎 成田剑 菅原淳一 丸田麻里 山下亚矢香 福圆美里 桃森李桃 松元环季 大下容子 阿久津博子 三宅光幸 久本雅美 河本准一 相武纱季
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演员：井元由香 小林希唯 冈田浩晖 石田太郎 富田耕生 若本规夫 泷口顺平 青野武 池田胜 八代骏 古川登志夫 千叶繁 江原正士 土师孝也 井上伦宏 爱河里花子 麻生智久 天田真人 佐佐木健 涉谷茂 志村知幸 杉田智和 铃村健一 园部启一 千叶进步 肥后诚 小山茉美 皆口裕子 松本梨香 隆大介 柳濑嵩 永井豪 林优 本多俊之 冈田梢 DJ太郎 福之上达也 鲇贝健 铃木裕介
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